La popular capilla del Cristo de la “coveta” se denomina así por estar ubicada en el semisótano como resultado de la reforma del Altar Mayor y del camarín en el siglo XIX. En ella recibe culto la imagen del Cristo Crucificado del Feliz Tránsito a la Gloria del escultor José María Ponsoda. Su bóveda rebajada está recubierta toda por revestimiento marmóreo y sobre el altar descansa desde 2014 el relicario, réplica del Santo Cáliz con la reliquia de la sangre de San Juan Pablo II, ofrenda del entonces Arzobispo de Valencia, monseñor Carlos Osoro. En los nichos laterales, imágenes de San Ramón Nonato y San Antonio de Padua; bajo esta imagen está el buzón para recibir las limosnas del “Pan de san Antonio”, destinadas a ayudas directas a los necesitados que atiende esta Basílica.